表示位置を指定して、ウインドウをオープンする。      
Sample 下のボタンを押してみて下さい。
ソース
<HTML>
<BODY>
<HEAD>

<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
<!--
function create_win() {
new_win=window.open("","new_win","height=220,width=240,left=100,top=100");
new_win.document.write("<html><title>Hello!!</title>");
new_win.document.write("<body bgcolor=white>");
new_win.document.write("<br><center>height=160:width=200:<br>left=100:top=100");
new_win.document.write("<FORM><INPUT Type=button VALUE=閉じる onClick=window.close()></FORM>");
new_win.document.write("</center></body></html>");
}
//-->
</SCRIPT>

<BODY>
<body>
<center>
<form>
<input type="button" value="ウインドウを開く" onClick="create_win()">
</form>
</center>
</BODY>
</HTML>
ワンポイント解説
window.open("","","height=220,width=240,left=100,top=100"); で、
高さ:220、幅:240、画面左からの距離:100、画面上からの距離:100 で、ウインドウをオープンしています。

new_win.document.write("<FORM><INPUT Type=button VALUE=閉じる onClick=window.close()></FORM>"); で、
新しくオープンしたウインドウに【 閉じる 】ボタンを表示しています。